Надбавка за вахтовый метод является компенсацией, однако она выплачивается не за работу, осуществляемую в особых условиях труда, а взамен суточных для возмещения дополнительных расходов в связи с особым характером работы. Поэтому эта выплата не учитывается при исчислении среднего заработка. Такая позиция подтверждена решением Верховного Суда РФ от 20 марта 2003 года № ГКПИ 2003-195. Постановлением Госкомтруда СССР, Секретариата ВЦСПС, Минздрава СССР от 31 декабря 1987 года № 794/33-82 утверждены Основные положения о вахтовом методе работы. Этот документ применяется в части, не противоречащей Трудовому кодексу. В нем предусмотрено, что надбавка за вахтовый метод не учитывается при исчислении среднего заработка.
Однако многие специалисты в своих статьях и комментариях этот вывод оспаривают, ссылаясь на часть 2 статьи 139 ТК РФ, которая закрепляет, что для расчета средней заработной платы учитываются все предусмотренные системой оплаты труда виды выплат. Тем не менее, как разъяснил ВС в названном выше решении, надбавка за вахтовый метод не относится к выплатам, предусмотренным системой оплаты труда.
Что касается остальных вопросов. Сотрудникам у работодателей, не относящихся к бюджетной сфере, надбавка за вахтовый метод выплачивается в размере и порядке, который установлен коллективным договором, локальным нормативным актом, трудовым контрактом (ч. 4 ст. 302 ТК РФ). Так что установить надбавку и определить ее размер Вы можете и в приказе, однако его нужно обязательно согласовать с профсоюзом. А размер компенсации работодатель вправе определить самостоятельно.